Ello con todos los sistemas defensivos de la época referentes a torres en esquinas, intermedias y para protección de las puertas, adarves, almenas con merlones, etc.
En cuanto a las puertas, dispondría de 4 principales con algún portillo de menor importancia. Conocidas nos son: la del Norte denominada del Muro, y la situada al oeste o del Somantano en un extremo de la calle Real (Alta); pero habría con toda seguridad otras dos más: al este en el otro extremo de la calle Real (Baja) frente al frontón, y al Sur entre la Iglesia y el Ayuntamiento, dotada esta de barbacana o construcción exterior para la defensa de la puerta, como así sigue denominándose a esa zona. Intramuros, existiría un gran espacio libre a modo de plaza de armas, mercado y relación, coincidente con la actual plaza Mayor.
Dentro del sistema de comunicaciones para la defensa del reino en épocas de tensión frente al oponente de Castilla, el poblado de Horcajo controlaría las incursiones que pudieran producirse a través de los ríos Valyunquera y Clarés-Ribota; Vadillo, aguas abajo, la posibilidad de acceso por detrás de Mayormonte y de la sierra; ello enlazado visualmente mediante señales con la propia Villarroya a través de un punto vigía situado en las eras, coincidente con la destruida ermita de San Bartolomé; y todo el conjunto con la Virgen de la Sierra, que recogería conexiones incluso más lejanas como p. e. del valle del Manubles y cabecera del Aranda, para a través de las Peñas de Herrera conectar hacia la capital, Zaragoza.
En aquella guerra del siglo XIV repetidas veces pasó el municipio a manos castellanas volviendo a reconquistarse, pero no fue la única. También a mediados del S XV, conocida es la incursión y toma de la villa en 1452 por el Conde de Medinaceli sin poder ser recuperada por Aragón hasta el tratado de paz de 1454.

Con la unificación de territorios rivales por el matrimonio de los Reyes Católicos (Isabel I de Castilla y Fernando II de Aragón) en 1469, las fronteras entre reinos ya no tienen razón de ser, produciéndose a lo largo de las dos centurias siguientes, como consecuencia de la estabilidad política una vez tomada Granada en 1492, y la mayor riqueza a raíz del descubrimiento de América en ese mismo año, el consiguiente aumento de población y transformaciones urbanas adecuadas a la nueva época.

La necesidad de espacio público de relación se concreta en la zona baja junto a la puerta sur, ampliando el existente a costa del conjunto defensivo de la antigua barbacana, con lo cual quedaba unido a otro (actual paseo Joaquín Costa) entre la muralla y el camino exterior a la población denominado de la Tajada (Carretera Nal. 234), pudiendo venir del foso o tajo frente a la puerta para su mejor defensa.
A finales del siglo XV estaría construida la amplia Iglesia Parroquial bajo la advocación de San Pedro Apóstol en detrimento de la de Santa María, terminada su fábrica una vez retomada tras la guerra de los dos Pedros, en ladrillo dentro de la tradición mudéjar; de una sola nave y dos tramos rematados por bóvedas de crucería simple con contrafuertes, ábside poligonal de siete lados cuyos nervios se reúnen en una clave central, y portada abocinada de arcos apuntados.